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Bioinformática Estructural, Modelado y Mecanismos Biológicos (Model3DBio)

Componentes del grupo: 
Juan Fernández Recio: 
Científico Titular del CSIC
Sergio Piñeiro Hermida: 
Investigador Ramón y Cajal
Elvira Alfaro Arnedo: 
Investigadora Postdoctoral Margarita Salas
Luis Angel Rodríguez Lumbreras: 
Titulado Superior CSIC
Javier Blecua Pérez: 
Estudiante Doctorado
Alejandra Sierra: 
Estudiante Master
 
Líneas de investigación

El grupo tiene un marcado carácter multidisciplinar, y su actividad principal se centra en el desarrollo y aplicación de métodos computacionales para el modelado estructural de biomoléculas y mecanismos biológicos de interés en las ciencias de la vid y del vino. El objetivo último es ayudar a entender y a manipular racionalmente procesos biomoleculares relacionados con el vino, desde la biosíntesis de metabolitos en vid y posterior modificación en microorganismos de vinificación, hasta sus efectos en el organismo humano.

Los objetivos específicos se agrupan en las siguientes líneas:

  • 1. Desarrollo de métodos para el modelado multi-escala de procesos biológicos. 
  • 1.1. Modelado de interacciones biomoleculares en base a funciones energéticas e inteligencia artificial, con enfoque a los retos existentes: complejos anticuerpo-antígeno, ensamblados multi-proteicos y dinámica de la asociación.
  • 1.2. Modelado del impacto de mutaciones en la unión entre proteínas en base a potenciales energéticos y técnicas de inteligencia artificial.
  • 1.3. Análisis de datos biológicos y modelado probabilístico de dinámicas celulares y poblacionales.
  • 1.4. Validación de los métodos desarrollados, distribución e implementación en servidores web.

 

  • 2. Aplicación al estudio de mecanismos moleculares de interés en las ciencias del vino.
  • 2.1. Identificación y modelado de dianas moleculares de polifenoles del vino relacionadas con salud humana
  • 2.2. Análisis de datos moleculares del vino, determinantes de calidad y modelado de mecanismos de percepción sensorial.
  • 2.3. Modelado y estabilización de enzimas y otras biomoléculas en levaduras y procesos de vinificación.
  • 2.4. Modelado estructural de proteínas en vid e interpretación de variantes genéticas a nivel molecular.

 

  • 3. Validación experimental e identificación de nuevos compuestos en enfermedades asociadas a envejecimiento.
  • 3.1. Validación in vitro de antocianinas y otros polifenoles de dieta.
  • 3.2. Análisis estructural y bioquímico de mecanismos moleculares de polifenoles y otros compuestos.

 

Lista completa de publicaciones (accesos directos)

https://orcid.org/0000-0002-3986-7686
https://scholar.google.es/citations?user=p7uqDecAAAAJ&hl=en&oi=ao
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Fernandez-Recio+J%5BAuthor%5D

https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=55909661300

Publicaciones destacadas (últimos 5 años)
  • Jiménez-Panizo, A., Alegre-Martí, A., Tettey, T.T., Fettweis, G., Abella, M., Antón, R., Johnson, T.A., Kim, S., Schiltz, R.L., Nuñez-Barrios, I., Font-Díaz, J., Caelles, C., Valledor, A., Perez, P., Rojas, A.M., Fernandez-Recio, J., Presman, D.M., Hager, G.L., Fuentes-Prior, P., Estébanez-Perpiñá, E. (2022) The multivalency of the glucocorticoid receptor ligand-binding domain explains its manifold physiological activities. Nucl. Acid. Res. 50,13063-13082.
  • Rodríguez-Lumbreras, L.A., Jiménez-García, B., Giménez-Santamarina, S., Fernández-Recio, J. (2022) pyDockDNA: A new web server for energy-based protein-DNA docking and scoring. Front. Mol. Biosci. 9:988996.
  • Landras, A., Reger de Moura, C., Villoutreix, B.O., Battistella, M., Sadoux, A., Dumaz, N., Menashi, S., Fernández-Recio, J., Lebbé, C., Mourah, S. (2022) Novel treatment strategy for NRAS-mutated melanoma through a selective inhibitor of CD147/VEGFR-2 interaction. Oncogene 41, 2254-2264.
  • Castell, C., Rodríguez-Lumbreras, L.A., Hervás, M., Fernandez-Recio, J., Navarro, J.A. (2021) New Insights Into the Evolution of the Electron Transfer from Cytochrome f to Photosystem I in the Green and Red Branches of Photosynthetic Eukaryotes. Plant Cell Physiol. 63, 1082-1093.
  • Fernández-Recio, J. (2020) Modelling the Evolution of COVID-19 in High-Incidence European Countries and Regions: Estimated Number of Infections and Impact of Past and Future Intervention Measures. J.Clin.Med 9, 1825.
  • Rosell, M., Fernández-Recio, J. (2020) Docking approaches for modeling multi-molecular assemblies. Curr. Opin. Struct. Biol. 64, 59-65.
  • Errasti-Murugarren, E., Fort, J., Bartoccioni, P., Díaz, L., Pardon, E., Carpena, X., Espino-Guarch, M., Zorzano, A., Ziegler, C., Steyaert, J., Fernández-Recio, J., Fita, I., Palacin, M. (2019) L-amino acid transporter structure and molecular bases for the asymmetry of substrate interaction. Nat. Comm. 10, 1807.
  • Jankauskaité, J., Jiménez-García, B., Dapkūnas, J., Fernández-Recio, J., Moal, I.H. (2019) SKEMPI 2.0: An updated benchmark of changes in protein-protein binding energy, kinetics and thermodynamics upon mutation. Bioinformatics 35, 462-469.
  • Rosell, M., Fernández-Recio, J. (2018) Hot-spot analysis for drug discovery targeting protein-protein interactions. Exp. Opin. Drug Discov. 13, 327-338.
  • Jiménez-García, B., Roel-Touris, J., Romero-Durana, M., Vidal, M., Jiménez-González, D., Fernández-Recio, J. (2018) LightDock: A new multi-scale approach to protein-protein docking. Bioinformatics 34, 49-55.