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Bioinformática estructural para las ciencias del vino (3DBIOwine)

Componentes del grupo: 
Juan Fernández Recio: 
Científico Titular del CSIC
Luis Angel Rodríguez Lumbreras: 
Titulado superior contratado (CSIC)
Mireia Rosell Oliveras: 
Titulada Superior CSIC
Bioinformática estructural para las ciencias del vino (3DBIOwine)
Líneas de investigación

El grupo tiene un marcado carácter multidisciplinar, y su actividad principal se centra en el desarrollo y aplicación de métodos computacionales para el modelado estructural de biomoléculas de interés en las ciencias de la vid y del vino. El objetivo último es ayudar a entender y a manipular racionalmente procesos biomoleculares relacionados con el vino, desde la biosíntesis de metabolitos en vid y posterior modificación en microorganismos de vinificación, hasta sus efectos en el organismo humano.

Los objetivos específicos se agrupan en dos grandes líneas, como se detalla a continuación:

  • 1. Desarrollo de herramientas computacionales para el modelado estructural y energético de interacciones entre biomoléculas. Nuestro grupo ha desarrollado métodos pioneros de docking entre proteínas, que se encuentran entre los más competitivos a nivel internacional según evaluaciones objetivas, como la proporcionada por la competición CAPRI.
  • 1.1. Uno de los objetivos prioritarios es continuar esta línea de investigación en busca de soluciones para superar las limitaciones de los métodos actuales de predicción: proteínas flexibles, interacción débil, complejos multi-proteicos, etc.
  • 1.2. Otro de los objetivos es extender estos métodos a la predicción eficaz de otras interacciones biomoleculares, como proteína-péptido, proteínas-ácidos nucleicos, etc.
  • 2. Aplicación al modelado de interacciones biomoleculares en organismos de interés en las ciencias del vino: vid, microorganismos y humano. Algunos de los objetivos dentro de esta línea son:
  • 2.1. Interpretación de variantes genéticas en vid a nivel molecular.
  • 2.2. Modelado y caracterización de rutas de biosíntesis de metabolitos de interés en vid y levadura.
  • 2.3. Comprensión de los mecanismos moleculares de la percepción sensorial del vino.
  • 2.4. Modelado molecular para el estudio de los efectos del consumo de vino en la salud humana.
Lista completa de publicaciones (accesos directos)

https://orcid.org/0000-0002-3986-7686
https://scholar.google.es/citations?user=p7uqDecAAAAJ&hl=en&oi=ao
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Fernandez-Recio+J%5BAuthor%5D

Publicaciones destacadas (últimos 5 años)

Rosell, M., Fernández-Recio, J. (2018) Hot-spot analysis for drug discovery targeting protein-protein interactions. Exp. Opin. Drug Discov. 13, 327-338.

Jiménez-García, B., Roel-Touris, J., Romero-Durana, M., Vidal, M., Jiménez-González, D., Fernández-Recio, J. (2018) LightDock: A new multi-scale approach to protein-protein docking. Bioinformatics 34, 49-55.

Barradas-Bautista, D., Fernández-Recio, J. (2017). Docking-based modeling of protein-protein interfaces for extensive structural and functional characterization of missense mutations. PLoS One 12, e0183643.

Pallara, C., Jiménez-García, B., Romero-Durana, M., Moal, I.H., Fernández-Recio, J. (2017) pyDock scoring for the new modeling challenges in docking: Protein-peptide, homo-multimers, and domain-domain interactions. Proteins 85, 487-496.

Pérez-Cano, L., Romero-Durana, M., Fernández-Recio, J. (2017) Structural and energy determinants in protein-RNA docking. Methods 118-119, 163-170.

Pallara, C., Rueda, M., Abagyan, R., Fernández-Recio, J. (2016) Conformational heterogeneity of unbound proteins enhances recognition in protein-protein encounters. JCTC 12, 3236-3249.

Jiménez-García, B., Pons, C., Svergun, D.I., Bernadó, P., Fernández-Recio, J. (2015) pyDockSAXS: protein-protein complex structure by SAXS and computational docking. Nucleic Acids Res. 43, W356-361.

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Lucas, M., Gaspar, A.H., Pallara, C., Rojas, A.L., Fernández-Recio, J., Machner, M.P., Hierro, A. (2014) Structural basis for the recruitment and activation of the Legionella phospholipase VipD by the host GTPase Rab5. Proc Natl Acad Sci USA 111, E3514-E3523.

Rosell, A., Meury, M., Alvarez-Marimon, E., Costa, M., Pérez-Cano, L., Zorzano, A., Fernández-Recio, J., Palacín, M., Fotiadis, D. (2014) Structural bases for the interaction and stabilization of the human amino acid transporter LAT2 with its ancillary protein 4F2hc. Proc Natl Acad Sci USA 111, 2966-2971.