El ICVV se estructura en dos Departamentos de Investigación y cuenta con diversos Servicios de investigación y de apoyo, así como varias Unidades Asociadas de Investigación.

• Viticultura
• Enología

• Análisis instrumental
• Bodega experimental
• Cultivos

• Gerencia y administración
• Biblioteca y documentación
• Informática

El ICVV cuenta asimismo con una Comisión interna de Seguridad Biológica.

• Nombre: Laboratorio de Análisis del Aroma y Enología (LAAE)
• Centros participantes:
  • Universidad de Zaragoza
  • Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino - ICVV (CSIC, Gobierno de La Rioja, Universidad de la Rioja)

• Nombre: Unidad Asociada Eficiencia en el uso del agua de la vid (UIB)
• Centros participantes:
  • Universidad de Baleares
  • Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino - ICVV (CSIC, Gobierno de La Rioja, Universidad de la Rioja)

• Nombre: Unidad Asociada UvaMox (Universidad de Valladolid)
• Centros participantes:
  • Universidad de Valladolid
  • Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino - ICVV (CSIC, Gobierno de La Rioja, Universidad de la Rioja)

• Nombre: Enfermedades Infecciosas, Microbiota y Metabolismo (CIBIR)
• Centros participantes:
  • Centro de Investigación Biomédica de La Rioja (CIBIR)
  • Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino - ICVV (CSIC, Gobierno de La Rioja, Universidad de la Rioja)

• Nombre: CropQuality: Estreses en los cultivos y sus efectos en la calidad (Universidad de Santiago de Compostela)
• Centros participantes:
  • Universidad de Santiago de Compostela (USC)
  • Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino - ICVV (CSIC, Gobierno de La Rioja, Universidad de la Rioja)

• Nombre: Grupo de Bioquímica, Biofísica y Biología Computacional
• Centros participantes:
  • Universidad de Zaragoza
  • Estación Experimental Aula Dei - EEAD (CSIC)
  • Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino - ICVV (CSIC, Gobierno de La Rioja, Universidad de la Rioja)